Ist ein bißchen schwierig, auf so pauschale Aussagen konkrete Tipps zu geben.
Ursachen könnten sein:
a) fehlende oder falsche AllowOverride Klausel in der Apache Konfiguration. Mit AllowOverride wird festgelegt, welche Optionen in der .htaccess überhaupt verändert werden dürfen, bei "AllowOverride None" ist rein gar nichts möglich (wäre schon eine mögliche Ursache).
b) falscher Name (statt .htaccess aus Versehen .htacces oder so, kommt auch gerne mal vor)
c) falsche Dateiberechtigungen
Ich habe noch nicht in den configs etwas verändert oder sonsieges... (alles auf Standart!)
Es gibt kein "Standard" (mit d am Ende übrigens). Dein (von Dir nicht genannter Provider) hat Dir SEINE Defaultumgebung eingerichtet, was auch immer da vereinbart wird.
Wenn es Dein eigener Server ist: wieso willst Du Dateien usw. via .htaccess schützen? Als Betreiber des Server steht Dir die viel mächtigere Apache Konfiguration direkt zur Verfügung, die .htaccess Lösung ist eine Hilfslösung für geteilte Server. Du brauchst keine .htaccess, wenn es sowieso Dein Server ist, schreibe die notwendigen Konfigurationen direkt in die Apache Konfigurationsdateien, fertig!