Includen oder sowas is afaik generell möglich. Falls du nun auf die Idee kommst Dateien in deiner Seite direkt zu linken (zum Beispiel für Downloads) kannst du in deiner httpd.conf Directory-Alias anlegen, die sich nicht innerhalb der htdocs befinden müssen. Einige Alias-Einträge sind schon vorhanden. An denen kannst du dich orientieren. Dort kannst du zumindest Alias für beliebige Verzeichnisse anlegen, die du dann seperat mit eigenen Optionen belegen kannst (falls gewünscht).
Bei mir hab ich das beispielsweise gemacht, als ich mein Arbeitsverzeichnis in meine "Eigene Dateien" verlegt habe. Genau dort, wo sich auch Eclipse breit gemacht hat.
Und immer daran denken: Wenn Leute aus dem Internet darauf zugreifen können, gibst du denen weitere Zugriffsmöglichkeiten, die natürlich ebenfalls genauso sicher gehandelt werden müssen, wie die htdocs
Und (wo ich schon mp3 gelesen habe): Urheberrechtliches Material ...