Der FileZilla FTP Server läuft nur als Dienst und nicht als Konsolenanwendung. Du musst ihn also einmal mit einem Benutzerkonto starten das die Rechte hat einen Dienst zu installieren. Den installierten Dienst kannst du dann auch mit einem eingeschränkten Konto starten und beenden (Ist u.a. mit Apache und MySQL als Dienst dasselbe).