"Generell" kann man das nicht einstellen. Eine RewriteBase muss man immer dann angeben, wenn der physikalische Pfad der .htaccess (bzw. der Regeln, die darin definiert sind) nicht dem URL Path entsprechen.
Das ist meistens bei einem ALIAS der Fall, hier steht es ganz gut beschrieben und mit einem kleinen Beispiel versehen:
http://buecher.lingoworld.de/apache2/sh ... =668&o=modWieso das jetzt "auf einmal" anders ist als vorher, dass kann ich nicht sagen, dazu müßte man die ganze Anwendung und die ganze Konfiguration kennen. Aber offensichtlich heißen irgendwelche Pfade jetzt anders als vorher und irgendwo gibt es da Probleme mit dem Rewrite, der auf ein falsches Verzeichnis hinausläuft.
Vielleicht war ja vorher in der httpd.conf genau wie im Beispiel eine RewriteBase Anweisung in der httpd.conf und ist durch eine Standard httpd.conf ersetzt worden, oder oder oder - das kann man nur schwer sagen, aber wenn Du die Ursache als solches verstanden hast, dann hast Du auch gute Chancen das Problem zu lösen.