Wie das ganze Arbeitet hab ich oben geschrieben. Du kannst das jetzt verstehen und dich danach richten oder nicht.
(Es ist einfach eine feste Tatsache, dass Webserver so arbeiten, egal was man selber für besser hält und gerne hätte.)
BTW:
Darum kann man aber auf die von mod_autoindex bereitgestellten Links mit Erfolg klicken, weil die immer in utf-8 ausgeliefert werden.
Das klappt allerdings sowohl auf einem Windows, als auch auf einem Linux (mit ISO-8859-1). Es muss also irgendwo schon eine Transformation stattfinden!
Das Modul macht eben das, was du in einem Script selber machen musst:
Erkennen mit welchem Zeichensatz das Dateisystem arbeitet, und dann in diesem Zeichensatz die URIs (urk kodiert) generieren.
Allerdings ist dieses Modul auch wiederum ziemlich dämlich. Gibt man ihm vor, dass die Seiten in einem Bestimmten Zeichensatz ausgeliefert werden sollen, passt es Anzeige der Dateinamen nicht von selber an (manuell geht auch nicht). So hast zwar funktionierende Links, aber auf der Webseite stehen die Namen falsch.
Auch kennt es automatisch nur iso-8859-1 oder utf-8. Bei einem Server in Russland, der evtl. iso-8859-5 im Dateisystem benutzt, erzeugt das Modul Links mit iso-8859-1. Das Ergebnis kannst du dir vorstellen...
Das es bei PHP noch ein zusätzliches Problem gibt, dass die Dateisystemfunktionen eben gar nicht (vollständig) korrekt mit einem Windowsdateisystem umgehen können, ist ein anderes Problem. (was man natürlich auch wissen sollte). Aber du musst ja nicht PHP als Scriptingsprache nehmen.