http://httpd.apache.org/docs/2.2/invoking.html
Du musst für jede Instanz eine eigene httpd.conf erstellen, und jede Instanz mit der jeweiligen httpd.conf aufrufen (Parameter -f).
Sinnvollerweise solltest du in diesem Fall aber ein eigenes Startscript schreiben. Ich hab das mal für meinen Dovecot gemacht, das ganze läuft dann so ab:
/etc/init.d/dovecot start
/etc/init.d/dovecot start host1
Der erste Befehl würde alle Instanzen starten, der zweite Befehl nur host1, das selbe natürlich für stop, restart usw.
Wie Wiedmann schon gesagt hat ist das beim Apachen eigentlich unnötig.
mfg glitzi