Wäre es möglich die Verzeichnisstruktur von XAMPP nochmals zu überdenken, so dass alle eigenen Programme, Daten und Logs in entsprechenden Unterverzeichnissen eines Ordner zu finden wären. Auch ein Verzeichnis für alle confs wäre nicht schlecht. Bei einem Update von XAMPP könnte man dann wirklich bis auf ein Verzeichnis alles löschen und die neue Version rüberkopieren und müsste nicht immer erst suchen, was man bei einem Update retten will oder muß.
Unter diesem Sammelordner sollte man neben htdocs und den MySQL-Datenbanken auch noch das Verzeichnis anonymous des FileZillaFTP, cgi_bin, Daten von MercuryMail, Webalizer, Zugangsdaten in PHPMyAdmin (über ein include zu bewerkstelligen) usw. zu finden sein.
Wenn man dann nur noch eine Zeile ändern müsste, wenn sich dieser "Sammelordner" z. B. auf ein anderes Laufwerk befinden soll, wäre es imho perfekt.