ich selbst habe kein debian installiert, aber wenn ich mich nicht täusche existiert die Datei /etc/sysconfig/apache2
Dort sind in der Regel allgemeine Konfigurationseinstellungen für den apache gespeichert. Es gibt in der Datei auch einen Parameter (APACHE_MODULES), bei dem alle Module aufgelistet werden. Dort musst du einfach "perl" anhängen.
Durch die sysconfig-Datei wird dann normalerweise eine apache-Konfigurationsdatei erstellt, welche standardmäßig auch eingebunden wird.
Wenn das nicht geht -> LoadModule
http://httpd.apache.org/docs/1.3/mod/mo ... loadmodule