Ich möchte noch schnell die Lösung erzählen:
Weder mit Wordpress, noch mit MODx oder mit CakePHP konnte ich über den Apachen auf die Datenbanken zugreifen. Aber unter PhpMyAdmin.
Also: Alle Datenbanken exportiert, im PhpMyAdmin gelöscht und wieder importiert. Zumindest meine MODx-Installationen laufen wieder, den Rest muss ich noch testen.
Ich habe ebenso gelesen, dass es sein kann, dass die Passwörter neu gesetzt werden müssen, und zwar kompatibel zu MySql 4.0.