Also ich weiss jetzt, woher die Fehlermeldungen da oben rühren.
Und war sind diverse Dateien mit Ioncube encoded.
Deswegen kann ich in der _init.php den Document_Root einstellen wie ich will - solange ich dies in den genannten Dateien nicht machen kann, kann ich eben nur von /htdocs bzw. localhost testen.
Ich werde die Tage nochmal andere Websites in Unterordner laden und schauen, wie sich mein Problem mit nicht-encodeten Seiten verhält.