Hallo,
ich verwende als Editor für alles HTML Studio. Google hilft. Der Multi-Highlighter ist super, wenn du HTML, CSS, JS und PHP in einer Datei drin hast.
Als erstes kenne ich die Beispieldateien von denen du redest gar nicht. Daher kann ich dazu nichts sagen.
Bei MySQL werden Daten aus der DB auch in einer Datei gespeichert, allerdings brauchst du dir darum keine Gedanken machen. Du greifst über das Datenbankmanagementsystem (DBMS) darauf zu. Streng genommen ist MySQL nämlich keine Datenbank sonder ein DBMS.
Zum einstieg in PHP und MySQL empfehle ich gerne das Schattenbaum-Tutorial:
http://schattenbaum.net/php/.
Zur Übersichtlichkeit würde ich an deiner Stelle einen Ordner (z.B. Tutorial) im Ordner htdocs erstellen (auf Groß/Kleinschreibung achten). Darin legst du dann eine index.php an worin du dann alles möglich an PHP testen kannst. Aufgerufen wird das ganze dann so:
http://localhost/Tutorial/index.php
Zum testen würde ich zusätzlich noch eine eigene Testdatenbank und ein entsprechenden Benutzer im phpMyAdmin anlegen.
mfg glitzi